После падения Крымского ханства и присоединения Крыма к России, караи оказались в другом государстве. Количество крымских караимов тогда составляло около 4 тысяч. Для знакомства с неизвестным дотоле малочисленным народом была создана Высочайшая Правительственная комиссия. Ее заключение, с учетом положения караев в крымском ханстве, легло в основу законодательства империи, согласно которому караимы имели все права, предоставленные коренным русским подданным. По образцу магометанского, было учреждено караимское Духовное Правление. Караи имели внутреннее самоуправление во главе с избранным народом духовным и светским главой.

В начале XIX в. центр караев переместился из Кале в Евпаторию, где были построены Большая (Кафедральная) и Малая кенаса, располагались Духовное Правление и резиденция Гахана. В начале ХХ в. в Евпатории находились также библиотека «Карай битиклиги» и музей при ней, школы, духовная семинария, ремесленные училища, приют для престарелых, детский санаторий и т.д. В Гаханате, на пространстве от Крыма до Харбина, было 40 общин и 20 кенаса (из них 11 в Крыму). Среди караев имелись члены Государственного Совета и Думы, генералы, судьи, дипломаты, крупные промышленники, главы городов. В Евпатории неизменно, а в Севастополе, Феодосии, Карасубазаре, Бахчисарае нередко, караев выбирали городскими головами. Многие крымские караимы были дворянами.

Караи пользовались личным покровительством государей. Начиная с Екатерины II, все они, кроме Павла I, посещали святыни караев, принимали хлеб-соль, присутствовали на богослужениях, встречались с вождями народа. Александр I и Николай II гостили в домах караев.

Народ не оставался в долгу. После присоединения Крыма к России, малочисленные караи освобождались от рекрутской повинности, но, по традиции, выбирали военные профессии. Многие отличились в боях при защите Отечества. Среди них, например, герой русско-японской войны поручик М. Тапсашар, генерал Я. Кефели. В I-й Мировой войне участвовало 500 кадровых офицеров и 200 добровольцев. Многие стали Георгиевскими кавалерами, а Гаммал заслужил полный комплект солдатских и офицерский Георгиевские кресты.

Благодаря благоприятному отношению государства, количество караев с 1800 по 1914 гг. возросло в 4 раза и достигло 16 000.

К 1913 году среди караев имелось 11 миллионеров. Велась масштабная благотворительная деятельность. В Евпатории для всех, без различия веры и национальности, были построены городская библиотека, детский санаторий, народная аудитория, ремесленные училища и т.д. Появилась национальная интеллигенция:  агрономы, врачи, инженеры. Конец ХIХ - начало ХХ столетия стало для караев «золотым веком». Но были и отрицательные стороны. Усилились процессы ассимиляции и утраты родного языка. Хотя большинство крымских караимов, получивших до революции среднее и высшее образование, говорили на родном языке.

Материалы проф. В. Смирнова: «Российское Императорское Правительство считало караимов, с самого принятия их в свое подданство, равноправными со всеми прочимы гражданами Российской Империи, пользующимися одинаковым покровительством общих законов…». (Предисловие / Сборник старинных грамот и узаконений Российской империи… —  С. Петербург, 1890)