O хазарском этапе истории караев свидетельствуют фольклор, национальные блюда, крепостная архитектура родового гнезда, расшифровка через язык крымских караимов хазарских слов… Есть указания на пребывание в Кале последнего хазарского кагана.
После потери в XI в. хазарами власти в Крыму, караи сохраняли независимость в границах исторической территории Кырк Йера — округи кырков в междуречьи Альмы и Качи и обрели собственную государственность в рамках небольшого Кыркъйерского княжества со столицей в городе-крепости Кале (верхней крепости — Кыркъйернын юкъары калэси). Здесь пребывал князь — сар, или бий, в руках которого находилась административно-гражданская и военная власть, и духовный глава — каган, или гахан — всех караимов Крыма (а не только княжества). В его компетенцию входила и судебно-правовая деятельность. Двойственность власти, выражавшаяся в наличии и светского, и духовного глав, унаследована караями от хазар.
Первым выборным князем был Хаджи Муса из рода Узунов. Со временем эта должность стала наследственной, а в дальнейшем (с XV в.) светская и духовная власть сосредотачивались в одних руках. В Кыркъйерском княжестве часто правили потомки основателя династии.
Период XII-XV вв. был очень нестабильным в Крыму. Это связано с приходом новых волн кочевников, борьбой за власть в Крымском улусе Золотой Орды, экспансией итальянских колонистов…
В 1246 г. часть караев переселилась в Галицию, что ослабило экономический потенциал оставшихся в Крыму соплеменников.
Независимость приходилось отстаивать с оружием в руках. В 1261 г. итальянцы пытались взять крепость штурмом, но были отброшены. В бою пал князь Эльягу Узун — «крепкою стеною был он для народа внутри крепости и вне ее» (эпитафия на памятнике). В 1299 г. крепость не смогла устоять под ударами темника Ногая и была разграблена. И позже приходилось не раз противостоять неприятелю. От врага и от чумы (эпидемия 1346 г. и др.) караи укрывались в Кале. Заметный рост населения потребовал расширения крепости. При князе Менахеме Узуне (умер в 1396 г.) началось строительство новых стен.
В 1396-1398 гг. 300 семей воинов перебрались из Крыма в Литву. Судя по преданию, примерно тогда же часть воинов ушла на Кавказ.
Князь Элиазар Узун завершил строительство новых стен и позже, в эпитафии, был назван «державным главой обеих крепостей» (1433). Но высокий титул уже не соответствовал положению княжества, попавшего в зависимость от образовавшегося Крымского ханства.